اولین مجمع عمومی انجمن در شهریور ۱۳۸۱، اولین هیئت مدیره انجمن انتخاب شد و هیئت مدیره به اتفاق آرا نجمه تهرانیان که همزمان رئیس جمعیت مامایی ایران را نیز به عهده داشت به عنوان رئیس انجمن و دکتر ناهید خداکرمی دبیر و خانم فاطمه ناهیدی بعنوان خزانه دار انجمن انتخاب شد‏ند و دفتر انجمن در سازمان نظام پزشکی واقع در خیابان طالقانی (تخت جمشید سابق) خیابان سرپرست مستقر شد. لگو و آرم انجمن در اردیبهشت سال ۱۳۸۳ به ثبت رسید. مجمع عمومی انجمن بصورت سالانه برگزار می شود که از سال ۱۳۸۵ تا کنون ۴ دوره انتخابات برگزار شده که ریاست هر ۴ دوره انجمن بر عهده دکتر ناهید ‏خداکرمی می باشد. آخرین انتخابات انجمن علمی مامایی ایران در ۱۹اردیبهشت سال ۱۳۹۸ ‏ برای ‏اولین بار به صورت الکترونیک برگزار شد که با حضور۵۳ درصدی اعضای انجمن همراه بود.‏